朱棣对政治反对派的镇压不仅是残酷的，也是空前野蛮的。朱棣首先公布了以齐泰、黄子澄为首的五十余名的“奸臣”榜，将他们逮尽杀绝并加族诛。名士方孝孺、兵部尚书铁铉、礼部尚书陈迪、大理寺少卿胡闰、刑部尚书暴昭、右副都御史练子宁、左佥都御史景清等均因不肯屈从，而被用残酷至极的剥皮、凌迟等等酷刑处死。

同时被株而死的不计其数，后人称之为“瓜蔓抄”，即连疏族远亲也不放过，都在诛除之列。

对兵部尚书铁铉，则割了耳鼻，又割了肉烧了，塞到铁铉的嘴里让他吃，还问他“甘否”。铁铉说：“忠臣孝子之肉有何不甘！”铁铉至死骂不绝口。户部侍郎卓敬不屈，临刑，神色自若，也被灭三族。礼部尚书陈迪不屈，朱棣派人把他的儿子捉来杀掉，并割其鼻舌，强塞给陈迪吃。陈迪唾向凶手，骂得更厉害，终于被凌迟处死，宗族被戍者一百八十余人。刑部尚书暴昭不屈，“先去其齿，次断手足，骂声犹不绝，至断颈乃死”。左佥都御史景清，被“抉其齿，且抉且骂”，含血喷了朱棣一身，朱棣下令“剥其皮、草椟之”，“碎磔其骨肉”。右副都御史练子宁，被逮语不逊，“命断其舌，磔死，宗族弃市者一百五十一人，九族之亲被抄没戍远方者数百人”。其他不一而足。

大才子、文学家、书法家解缙，被朱棣下狱死。

解缙初入狱时曾遭到严刑拷打，因而辗转牵连到大理丞汤宗，宗人府经历高得旸，中允李贯，赞善王汝玉，编修朱纮，检讨蒋骥、潘畿、萧引高及李至刚等人，都被逮入狱。王偁、王汝玉、李贯、朱纮、萧引高、高得旸等人先后瘐死狱中。

朱棣的朝鲜妃子权氏享年不永。对她的死，起初无人怀疑。后来宫人吵架，有人说是朝鲜妃子吕氏串通中官和银匠用砒霜毒死了权妃。朱棣大怒，将中官、银匠处死，命令用烙铁烙一个月杀死吕氏，并杀死吕氏在宫中的从人，牵连至死者达数百人。其实这是个冤狱，到朱棣晚年才暴露出来。永乐十九年（1421），诬陷吕氏的宫人鱼氏与宦官的私情被揭发，二人自杀。朱棣将他们的侍婢拘捕审讯，侍婢们因受不了拷掠，诬服认罪，并说要谋杀朱棣。这一来非同小可，后宫连坐者竟达二千八百人之多。

行刑之日，朱棣亲临刑场，看着她们被一一剐死。有的宫人在临死时大骂朱棣：自家阳衰，故私少年寺人，何咎之有！”两案所杀竟达三千余人。为了自己的私欲，朱棣何等阴毒残暴！